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微生物蛋白酶又可分為細菌蛋白酶、真菌蛋白酶、放線菌蛋白酶。按其對蛋白質作用部位的不同，又可分為內肽酶和外肽酶。按其作用最適pH值可分為酸性蛋白酶、中性蛋白酶、堿性蛋白酶。按其起作用的活性中心和基因不同，可分為巰基蛋白酶、金屬蛋白酶、絲氨酸蛋白酶，以及只能水解某一種或某兩種氨基酸之間肽鍵的蛋白酶。重要的有胃蛋白酶、胰蛋白酶、組織蛋白酶、木瓜蛋白酶和枯草桿菌蛋白酶等。用途蛋白酶通常都是用發酵法制備的。其用途十分廣泛。

蛋白酶是最重要的一種工業酶制劑，能催化蛋白質和多肽水解，廣泛存在于動物內臟、植物莖葉、果實和微生物中。在干酪生產、肉類嫩化和植物蛋白改性中都大量的使用蛋白酶。此外，胃蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、羧肽酶和氨肽酶都是人體中的蛋白酶，在它們的作用下，人體攝入的蛋白質被水解成小分子肽和氨基酸。

目前在焙烤工業中使用的蛋白酶有霉菌蛋白酶、細菌蛋白酶和植物蛋白酶。