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紅曲色素是深紫紅色液體或粉末或糊狀物，略帶異臭，不溶于油脂及非極性溶劑，在pH4.0以下介質中，溶解度降低，易溶于乙醇、丙二醇、丙三醇及它們的水溶液。熔點160-192℃，水溶液最大吸收波長為490土2 nm，乙醇溶液最大吸收波長為470 nm，溶液為薄層時為鮮紅色，厚層時帶黑褐色并有熒光。對環境pH穩定，幾乎不受金屬離子（Ca 2+ 、Mg 2+、Fe 2+、Cu 2+）和0.1%過氧化氫、維生素C、亞硫酸鈉等氧化劑、還原劑的影響。耐熱性及耐酸性強，其醇溶液對紫外線相當穩定，但經陽光直射可使其退色。對蛋白質著色性能極好，一旦染著，即不掉色。

毒性：LD 50為20g/kg（小鼠，經口），7g/kg（小鼠，腹腔注射）。紅曲紅具有抑菌和殺菌作用，現已證實活性成分中一部分是著色物質。

穩定性：紅曲紅色素對光不穩定，在光照太陽光、紫外光和可見光等會逐漸分解。在自然光照射條件下，不到14 h，色素的保存率降到50%以下，日光直射下（31～38℃）2 h，色素損失一半，色素乙醇溶液在紫外燈 （15W，距離20 cm）下照射5 h，吸光度未變。