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焙烤行業的應用：

中性蛋白酶可將面團的蛋白質水解成胨、肽類甚至 ，從而減弱面團筋力，使它具有良好的可塑性和延伸性，保持清晰美觀的印花圖案。改善成品的光澤、使餅干斷面層次分明，結構均勻一致，口感松爽酥脆。

 大豆分離蛋白的應用：

能水解大豆分離蛋白成小分子肽，大大提高了大豆分離蛋白的生物效價，使其易為人體消化吸收，同時還提高了溶解，降低了粘度，改善了大豆分離蛋白的功能特性。

 酵母抽提物、酵母浸膏的生產應用

提高終產品的蛋白質利用率及風味

啤酒工業：

添加中性蛋白酶分解蛋白質為多肽和游離氨基氮，特別對大麥，大豆等植物性蛋白作用，用于啤酒生產，可排除蛋白質產生的"冷混濁"現象。

 醫藥工業的應用：

含中性蛋白酶的，可起到、利膽 的。